二类医疗器械欧盟CE认证的办理流程如下：
确定产品分类：需要确定您的医疗器械是否属于欧洲联盟的二类医疗器械。产品的分类将影响后续的流程和要求。
建立质量管理体系：需要创建符合ISO 13485或类似标准的质量管理体系，以确保产品的制造和质量控制符合要求。质量管理体系是CE认证的重要组成部分。
准备技术文件：需要准备详尽的技术文件，包括产品规格、性能数据、制造工艺、材料信息、使用说明书、风险分析等。这些文件将用于支持CE认证申请。
申请CE证书：完成上述步骤后，可以向欧盟相关的认证机构提交CE认证申请。
对于医疗器械经营许可证的办理流程，需要前往当地食品药品监督管理部门进行咨询，了解具体的申请流程和要求。在申请时，需要提交以下材料：
《企业名称预先核准通知书》，该证一般在工商局进行办理。
在食品药品监督局网站上提交网上申请材料，申请材料通过审核后，向有关部门预约查看经营场地。
申请《医疗器械经营企业许可证》，该证件的申请一般需要提供书面申请。 办理该证件的时间一般在40-50个工作日左右。
上述证件办理完毕后，就可以申请营业执照了，目前营业执照都是三证合一的。