16S rDNA是细菌基因组中编码核糖体RNA（rDNA）的DNA序列，不同种属细菌的16S rDNA序列之间存在一定的差异，可以用于检测和鉴定各种不同的致病菌，在微生物群落的系统进化与分类研究中也具有重要作用。非靶向代谢组学是相对于靶向代谢组学而言的，又称为发现代谢组学。非靶向代谢组学不是对某一特定的代谢产物进行研究，而是通过对比实验组和对照组的代谢产物来寻找有意义的差异代谢物，为寻找生物标志物、疾病初诊断以及研究疾病发病机制提供了新的思路和方向。
整合16S rDNA与非靶向代谢组学数据，可以从基因组和代谢组层面的表达差异性揭示菌群与代谢物之间的相关性，筛选代谢状态以及代谢产物存在差异的关键菌株。16S rDNA与非靶向代谢组学整合分析可研究微生物-代谢物-疾病之间的联系，有助于相关疾病的发病机理研究，为后续药物以及治疗方法的开发提供了理论依据。
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