代谢通量分析（metabolic Flux Analysis，MFA）是一种重要的代谢通量组学研究技术，用于定量研究某个目标系统中各个代谢途径的分布情况，通过分析生物系统中各代谢物的产生和消耗速率来刻画生物体的生理状态，以深层次的了解生物体内遗传、代谢调控以及环境因素的相互作用。
代谢通量分析通过测定目标体系中的代谢通量的速率和方向来刻画生物体的代谢情况、评估遗传或环境对生命活动的影响。其大致思路是假定一段时间内胞内中间代谢产物的浓度不变，通过计量矩阵模型，根据各代谢反应方程式的计量关系以及所测的底物消耗速率或产物生成速率来推导和计算未知的代谢反应速率，进而确定代谢网络的通量分配图。代谢通量分析利用各代谢物的产生和生成速率以及中间代谢物质平衡等数据，不需要代谢途径中酶的动力学特征就可以获得代谢网络的特征信息，为代谢调节提供了重要的参数，在微生物代谢系统研究中具有重要意义。
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