私募基金管理人在申请登记时需按场外期权公司开户要点法定标准确立机构的实际控制人人选，在无法满足前文所述认定标准时，可以在系统中填报“大股东”，由其大股东承担相应的责任。由此，私募基金登记备案系统要求申请机构必须确定实际控制人或大股东。
私募基金管理人登记备案系统对实际控制人的认定标准，不同于《公司法》以及证监会在IPO等证券业务中掌握的标准。根据《资产管理业务综合报送平台场外期权公司开户要点操作手册》第1.3条的规定，“实际控制人指控股股东或能够实际支配企业行为的自然人、法人或其他组织”。
新系统内进行操作时，实际控制人部分系统提示“认定实际控制人应一直追溯到的自然人、国资控股企业或集体企业、上市公司、受国外金融监管部门监管的境外机构”。实际控制人的主体范围包括：
1、实际控制人可以是控股股东；
2、“追溯”标准为追溯至自然人、国资控股企业或集体企业、上市公司、受国外金融监管部门监管的境外机构，即对场外期权公司开户要点国资控股企业、集体企业、上市公司、受国外金融监管部门监管的境外机构无需继续穿透核查。
中基协资产管理业务综合报送平台中关于实际控制人的认定标准共分为五种情况：
（1）持股50%以上的；
（2）通过行使表决权能够决定董事会半数以上成员当选的；
（3）通过投资关系、协议或者其他安排能够实际支配公司行为且表决权持股超过50%的；
（4）合伙企业的执行事务合伙人；场外期权公司开户要点；
（5）在无法满足前述认定标准时，可以在系统中填报“大股东”，由其大股东承担相应的责任。