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《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》规定合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税;合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。因此，有限合伙企业合伙人按自然人和企业分别承担个人所得税和企业所得税。
其中执行有限合伙企业合伙事务的自然人普通合伙人，按照《中华人民共和国个人所得税法》第三条：利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
及其实施条例的规定，按个体工商户的生产经营所得应税项目，适用3%至5%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税;不执行有限合伙企业合伙事务的自然人有限合伙人，其从有限合伙企业取得的股权投资收益，按照《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，按照利息、股息、红利所得应税项目，依20%税率计算缴纳个人所得税。