濒危证的办理流程一般如下：
前期准备
确认物种及监管条件：确定货物是否属于《进出口野生动植物种商品目录》管理范围以及是否为濒危物种，查看商品的 HS 编码，若监管条件中有 “e”（濒危物种允许进口证明书）或 “f”（濒危物种允许出口证明书），则需办理濒危证，明确物种的拉丁文名称。
准备申请材料：通常包括营业执照、对外贸易经营者备案、法人身份证、实际经营利用地址的产权证、申请报告、野生动植物及其产品申请表、进出口合同或协议等。进口还需国外 CITES 证书、原产地证书等；出口则需省野生动植物行政主管部门颁发的来源证书等。
申请阶段
网上申报：涉及水生野生动物，在当地渔政部门的相关系统上进行申报；涉及陆生野生动物，则在林业部门的系统申报，按系统要求填写申报信息，上传申请材料的电子文档。
提交纸质材料：将准备好的纸质申请材料（通常一式多份），提交到相关部门指定的地点。
审批阶段
地方初审：地方相关部门（如市林业局林政科）对申请材料进行初审，核实真实性和完整性，加具意见后，向上级部门报送。
省级审核：省级野生动物保护管理部门对申请进行审核，审查物种鉴定、来源合法性等。
国家审批：国家濒危物种进出口管理办公室对申请进行最终审批，涉及国际公约的物种，可能会与国外相关管理机构进行信息确认和沟通。
领证阶段
审批通过后，申请人可到指定地点领取濒危证，或根据规定选择邮寄方式获取。