纳豆激酶的分子量通常在25KDa-35KDa范围之间，这一分子量范围使其能够有效地与生物体内的纤维蛋白结合，从而发挥其生物活性。在纳豆激酶的生产过程中，发酵液的分离纯化对最终的纳豆激酶纯度有着显著的影响。
膜分离技术已广泛应用于生物发酵液的过滤精制、提纯浓缩等工艺环节。如纳豆激酶发酵液，可选择膜分离微滤、超滤技术，除去发酵液中的大分子杂质和细胞残骸，透过提纯纳豆激酶。再采用精度较高的超滤膜，除去小分子杂质，如小肽和氨基酸，富集浓缩纳豆激酶，相当于双向切割，抓出纳豆激酶，确保纳豆激酶的高纯度和活性。
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