微生物指标是衡量食品安全最常见、最重要的因素之一 。食品中如果含有超出一定数量的微生物，不仅会使食物变质、腐败、失去营养价值，而且还会危害人类的健康和安全。微生物检测是食品检测的重要项目，餐饮业、加工食品的微生物指标都需要达到标准，否则将危害人类健康。
大肠杆菌、大肠埃希氏菌、菌落总数、酵母和霉菌数量、绿脓杆菌、李斯特氏菌、沙门氏菌、霍乱弧菌、阪崎肠杆菌、志贺氏菌、溶血性链球菌、商业无菌、金黄色葡萄球菌、产气荚膜梭菌、无菌测试、微生物限量、肠道球菌数、下菌落总数等；常规项目：菌落总数、大肠菌群、大肠杆菌、霉菌、酵母菌等；
其他：军团菌、乳酸菌、罐头食品的商业无菌、肠杆菌科、嗜渗酵母、粪链球菌、粪大肠菌群、肠杆菌属、厌氧菌落总数、厌氧亚硫酸盐还原菌、需氧嗜温菌芽孢、厌氧嗜温菌芽孢、嗜热嗜酸菌、嗜热菌落总数、白色念珠菌等；
实时PCR快速检测：沙门氏菌、单核增生李斯特菌、大肠杆菌O157:H7/NM