办理上海食品经营许可证有如下步骤：
一、取得个体工商户营业执照。办理健康证和知识培训合格证，一般可以去医院或者当地防疫站办，**带上营业执照副本、公章和身份证去。去医院体检后，一般2-3个工作日健康证和知识培训合格证就可以出来了。
二、准备食品经营许可证申请表，可以向当地市场监督管理局咨询下载地址。
三、准备法人身份证复印件、从业人员身份证复印件和健康证。然后制定食品安全管理制度（一般当地市场监督管理局都有模板）。
四、绘制店铺的平面图。提交缴纳税费单据证明，证实你所使用的水是正规自来水公司提供的。
五、把这些资料全部准备好后，去当地市场监督管理局提交（有的地方在政务大厅就可以办理）。
六、资料提交成功之后，市场监督管理局会安排人员来看场地。一般要求为：进货渠道方有相应的合规资质，店内卫生、使用原料和消毒柜要符合标准。
七、检查合规之后一般15-20个工作日食品经营许可证就出来了，很多地方都会打通知去领取。
食品生产经营卫生许可证是卫生许可证的一个类别之一，是国家卫生主管部门对食品生产与经营者颁发的允许进行食品生产经营的法定证件。在我国，根据《食品卫生法》的规定，食品生产经营企业和食品商贩，必须先取得卫生许可证，方可向工商行政管理部门申请登记或者变更登记。卫生许可证的发放管理方法由省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门规定。卫生许可证的发放适用对象，包括各种供人食用或者饮用的成品和原料以及按照传统既是食品又是药品的物品，但是不包括以治疗为目的的物品。
1、食品流通许可证申请书；2、负责人、经办人及食品安全管理人员的身份证复印件（需验原件）3名称预先核准通知书复印件。已取得主体资格的经营者申请增加食品经营项目的，提交营业执照副本复印件；4、与食品经营有关的经营设施空间布局图；5、食品流通单位需配备持B类（食品流通）合格证的食品安全管理员；6、经营场所的使用证明：房产证和房屋租赁合同复印件；7、与食品经营有关的经营设备、工具清单；8、操作流程；9、食品安全管理制度文本；10、特许经营项目流通许可承诺书。
办理食品流通许可，一般要经以下步骤：1、咨询后领取并填写《食品流通许可申请书》，同时准备相关材料；2、递交相关文书材料，材料齐全后，领取《接收材料凭证》或《受理通知书》后等待许可核准结果，需要现场核查的配合工商机关现场核查。3、领取《准予许可通知书》，十日内凭通知书领取《食品流通许可证》。或直接领取许可证。
具体的你可以去你所在的地区了解一下具体情况，国家10月1日开始施行新的经营许可管理办法后，流通证已经被代替了，办理食品经营许可证就好。