质谱技术将样品分子电离成离子，通过检测离子的质荷比等质谱信息实现样品的定性和定量等鉴定，是蛋白质组学研究的重要工具，不仅可以鉴定蛋白质的分子质量、含量和氨基酸序列，还可以检测蛋白质翻译后修饰情况。在分析蛋白质的分子质量或氨基酸序列时进行单级质谱就足够了；若要对蛋白质翻译后修饰情况进行表征，则还需要选择特殊离子通过碰撞池进行裂解分析，即串联质谱分析。质谱仪主要由离子源、质量分析器和离子检测器3个核心部分组成。离子源的作用是将样品分子电离成离子，质量分析器根据离子的质荷比不同来分离离子，然后利用离子检测器进行检测。随着生命科学技术的发展，目前已涌现了多种不同的质谱电离技术和质量分析器，它们在物理原理、性能参数、操作模式以及适用性等方面都各具特色。
1-.不同电离方式比较：
电离方式
检测化合物类型
进样形式
主要特点
电子轰击电离（EI）
小分子、低极性、易挥发
GC或液体/固体
吸附于探针
硬电离，重现性高，结构信息多
化学电离（CI）
小分子、中低极性、易挥发
GC或液体/固体
吸附于探针
软电离，提供分子离子信息
电喷雾电离（ESI）
小分子、蛋白质、多肽、非易挥发
液相色谱或直接注射样品溶液
软电离，多电荷离子
快原子轰击电离（FAB）
碳水化合物、有机金属化合物、蛋白质、非挥发性
样本溶于粘稠基质中
软电离，比ESI和MALDI硬
基质辅助激光解吸电离（MALDI）
多肽、蛋白质、核酸
样本与固体基质混合
软电离，适合高分子化合物
二、不同质量分析器比较
类型
测定参数
质量范围
分辨率
特点
四级杆
质量/电荷
m/z3000
2000
适合电喷雾，易于正负离子模式切换，体积小，价格低
离子阱
频率
m/z2000
1500
体积小，中等分辨率，设计简单，价格低，适合多级质谱，易于正负离子模式切换
磁场
运动/电荷
m/z2000
10000
分辨率高，分子量测试准确，中等测试范围
飞行时间
飞行时间
m/z∞
15000
质量范围宽，扫描速度快，设计简单
傅立叶变换离子回旋共振
频率
m/z10000
30000
高分辨率，适合多级质谱，需要高真空和超导磁体
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