目前，糖基化氨基酸位点鉴定主要利用生物质谱技术结合蛋白酶以及专一性糖苷内切酶的作用。一般先对糖基化位点进行特异的质量标记，使之与未修饰的蛋白质质量之间有一个特定的差异，通过质谱分析检测差异，进而通过串联质谱鉴定是在哪个氨基酸残基上发生了糖基化。
N-聚糖蛋白的鉴定Z_U_I常用的方法是N-糖苷酶F（PNGase F）酶解法。N-糖苷酶F作为脱氨基酶，可以将原先糖基化的天冬酰胺脱氨基后转变为天冬氨酸，造成相对分子质量增加1，再通过质谱比较含有天冬氨酸的肽与含有非糖基化天冬酰胺的肽的相对分子质量，即可获得发生N-糖基化的氨基酸位点。N糖基化位点鉴定的步骤主要包括N-糖苷酶F酶消化、聚糖分离释放、LC分离糖肽和质谱分析。
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