（一）被列为非正常户的企业注销难
《税务登记管理办法》(国家税务总局令第7号)第三十八条规定，已办理税务登记的纳税人未按照规定的期限申报纳税，在税务机关责令其限期改正后，逾期不改正的，税务机关应当派员实地检查，查无下落并且无法强制其履行纳税义务的，由检查人员制作非正常户认定书，存入纳税人档案，税务机关暂停其税务登记证件、领购簿和的使用。
如果企业被税务机关认定为非正常户，企业需要先补充纳税申报、补缴税款并缴纳相应的滞纳金和罚款，解除非正常状态后，才能按照正常程序提交注销申请。
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（二）存在遗留税务问题注销难
实务中，企业日常经营情况比较复杂，要办理税务注销，常常涉及过去数年数据的复核。
如果企业在存续经营期间不关注税务风险的管控，这些风险点极易在企业税务注销过程中集中爆发。
例如企业存货结转问题、股东与企业之间的财务混同问题、税专用管理问题、不合规的纳税申报问题等等，企业的税务遗留问题都会给企业的正常注销带来一定的阻碍。
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