一、马德里商标注册的缺点：
1、中心打击原则。自商标注册之日起五年内，基本商标被撤销或者驳回，其效力适用于所有指定国家。
2、必须以国内商标注册为基础，即必须首先在中国申请商标或注册商标。
3、无商标证书，证明只有一个。如果你拿着证明单独到另一个国家再办证书，可能会有其它费用。
4、开始受到的保护时间不方便具体确定。马德里商标注册没有证书，只有受理证明。
5、文件语言不统一，后期维护和处理商标不方便。
6、后续程序较复杂。如果商标遇到异议或是被驳回，则需要重新答复，并支付其它费用。
二、注册马德里商标的优点：
1、成本相对较低。实践表明，各国通过马德里体系制度申请商标国际注册的成本相对较低，国 家应用得越多，成本节约就越多。转让、变更、续展、删除及注销亦只须递交一份申请及缴纳一次费用。
2、手续相对简单。商标申请人仅可以使用一种语言、通过一个机构、提交一份申请、缴纳一次费用即可向其原属国以外的所有其他加入相同条约的缔约方提出商标注册申请，从而消除这些缔约方的商标主管机关相对繁琐的程序，例如使用不同语言、提交不同的申请以及向这些缔约方的商标主管机关缴费。目前，只有日本和加纳的收费分申请费和注册费两次收取。
3、减少缔约双方商标主管机关的工作量。商品和服务的分类和商标国际注册申请的形式审查由世界知识产权组织国际局(简称国际局)完成。在很大程度上，缔约国商标当局的工作量已经减少。此外，世界知识产权组织国际局负责发布国际注册公告，免除各主管机关再次宣布国际注册商标的义务。国际注册费的收取和分配也由世界知识产权组织国际局完成，这也减少了主管机关的工作量。