与其他高数据速率串行传输协议一样，时钟嵌入在信号中。在物理层面上，PCI Express2.0使用8b / 10b编码方案来确保连续相同数字（零或1）的字符串的长度有限。该编码用于防止接收机丢失位边缘的位置。在这种编码方案中，每个八（未编码）有效载荷数据位被替换为发送数据的10（编码）比特，导致电带宽中的20%开销。为了提高可用带宽，PCI Express 3.0版代替使用128b / 130b编码加扰。 128b / 130b编码依赖于加扰来限制数据流中相同数字串的运行长度，并确保接收机保持同步到发射机。它还通过防止发送的数据流中的重复数据模式来降低电磁干扰（EMI）。
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