预包装食品备案和食品经营许可证的管理对象和范围不同。预包装食品备案主要针对预包装食品的生产者和进口商，对其基本信息、生产地址、生产工艺、产品标准、标签标识等进行备案登记，确保产品的质量和安全；而食品经营许可证则是针对从事食品生产经营活动的单位和个人，对其生产经营场所的卫生条件、卫生管理制度、从业人员健康证明等进行审核，确保其生产经营活动符合法律规定。两者的申请流程和管理机构也不同。预包装食品备案一般由当地市场监管部门负责实施，申请流程相对简单；而食品经营许可证则由当地行政审批部门负责审核发放，申请流程相对复杂。