在中国，申请便携式超短波治疗仪等二级医疗器械许可证涉及一系列步骤和要求。以下是一般的办理流程：
准备申请材料：
公司资质文件：包括企业营业执照、生产许可证等。
产品技术文件：产品的设计图纸、技术规格、性能测试报告等。
质量管理体系文件：质量手册、SOP等。
申请表填写：
填写并提交医疗器械注册申请表格，确保信息准确无误。
技术评估：
国家药监局对提交的申请文件进行技术评估，确认产品技术性能、安全性、有效性等。
现场审核：
可能进行企业的现场审核，核实生产过程、质量管理体系、设备等是否符合标准。
临床试验（如果适用）：
如果产品需要进行临床试验，需提交并进行相关试验，并提供试验结果报告。
审批：
经过审查和评估后，国家药监局会对申请进行终审批决定，是否颁发医疗器械注册证书。
这些步骤涉及到严格的法规和标准，需要确保产品符合医疗器械的相关技术标准和质量要求。申请过程中还需要严格遵守相关法规和程序，以确保申请的顺利进行和成功获得许可证。如果企业没有相关经验或资源，可能需要寻求咨询服务或代办机构的帮助来完成注册过程。