公司法人不配合股东注销公司的处理如下:
1.与法人协商，以股权转让替代注销
法人不愿配合注销可能是想继续经营公司，可以在符合法律规定和内部管理制度的情况下，将拟注销企业的股权转让给法定代表人。这样可免去后续的清算注销程序，省时省力。
2.以债权人的身份申请破产
破产是公司注销的主要条件之一，如果法人不配合，可以以债权人身份向法院提起破产申请，进而进入破产清算程序，清算完毕后则办理注销。
3.与行政管理部门沟通解决
解铃还须系铃人。既然目的是为了办理注销的工商变更登记，则可以尝试与行政管理部门进行沟通，在符合基本原则的基础上，就办理具体流程所遇到的实际困难寻求帮助。
4.股会决议解散
召开股东大会，由三分之二的股东表决通过即可，这里的三分之二不是人数，而是占股比例。
5.强制注销
办理强制注销手续，不管法人不配合也好、联系不到也好，都可以强制注销。