一、在自贸区注册公司的优势
1.自由贸易区的货币流通相对自由;2.进出口审批流程快，实行先进的后申报制度;3.取消资本项目管制，实现人民币可兑换;4.注册审批流程短，先发许可证;5.保税区内企业加工生产的货物和应税劳务免征增值税和消费税;
6.金融业由国家财政支持。
二、上海自贸区相比普通公司的优势
1.返税政策：返税最高的区域在崇明，返还地税部分的50%，由财政局直接返还到企业账户；其次是奉贤返还地税部分的20%-40%；2.高新补贴：涉及到高新技术行业的，可以注册在有高新补贴的区域；比如：浦东临港、张江；3.免关税政策：涉及到进出口及转口贸易的，可以设立在自由贸易区，享受免关税政策；
4.在注册公司上：相对于区外的注册公司而言，上海自贸区监管还是比较较松。而且与一般的注册公司相比，减少了公司注册的环节和注册时间。
5.在监管上：在监管上，自贸区更少的受到强制的制度控制。比如没有公司年检制度。这就会省去一些不必要的繁杂步骤。
6.自贸区还可以开FT账户，方便不同币种的结算。
三、注册公司所需材料清单和流程
注册公司的流程：
1.准备基本的注册信息
2.核名
3.股东人员签字
4.递交工商材料
5.领取执照
6.刻章备案
7.银行开户
8.税务开通（每月正常报税，做账）