如果您计划开发一个微商代理管理小程序系统，其中包含代理系统、分销和返利商城功能，那么以下是您可以考虑的关键功能和步骤：
需求分析：详细了解微商代理营销模式，包括代理商的角色、级别、返利规则、推广渠道等方面的要求。确定系统需要支持的功能和流程。
用户管理：设计用户注册、登录和个人资料管理功能，包括代理商、经销商和消费者等用户类型。确保用户可以方便地访问和管理个人信息。
代理层级设置：实现代理商的层级关系设置，允许代理商发展下级代理或经销商。设置代理商的级别制度和相应的返利机制。
产品管理：建立产品库，包括产品分类、名称、价格、库存等信息。代理商可以选择要推广和销售的产品，并在其个人推广页面中展示产品信息。
订单管理：代理商可以通过小程序系统提交订单，并跟踪订单状态。系统应提供订单管理功能，包括订单查询、发货状态更新等。
佣金返利：根据代理商的级别、产品销售和返利规则，自动计算和返还代理商应得的佣金和返利。代理商可以在系统中查看自己的佣金和返利记录。
推广素材和工具：提供推广素材，如宣传海报、产品介绍等。代理商可以使用这些推广素材进行市场推广，吸引更多的消费者。
分销商城：搭建一个可供消费者购买产品的在线商城，代理商可以引导消费者在商城中购买产品，并获得相应的佣金和返利。
数据报表和统计：生成报表和统计数据，显示代理商的销售额、佣金、返利等关键指标。这些数据可以帮助代理商进行业绩分析和决策。
营销推广：集成营销推广功能，如分享功能、邀请好友注册等，为代理商提供更多的推广渠道和机会。
支付和结算：提供支付和结算功能，使代理商能够方便地收到佣金和返利款项。
小程序界面设计：设计用户友好的界面，使代理商和消费者能够方便地浏览产品、购买商品、查看返利记录等。
数据安全和权限管理：确保用户数据的安全性，设置适当的权限管理，限制不同用户角色的访问和操作权限。
测试和上线：在开发完小程序系统后，进行全面的测试，确保系统功能的正常运行和数据的准确性。最后，进行发布和上线。
综上所述，开发微商代理管理小程序系统需要深入了解微商代理营销模式，并设计相应的功能模块。关键功能包括用户管理、代理层级设置、产品管理、订单管理、佣金返利、推广素材和工具、分销商城、数据报表和统计等。在设计过程中，注重用户体验和数据安全，并进行充分的测试和上线准备工作。