微波消毒处理过程中产生的废气主要来自于破碎过程中产生的扬尘(含细菌、病毒等、挥发性有机物(挥发性的化学溶剂、蒸气等)及恶臭。
微波消毒过程应在封闭的系统中操作，或者是消毒系统处于负压状态，并使排出的气体通过符合要求微粒空气过滤器等空气净化装置净化后排放。
可根据恶臭产生情况设置脱臭塔等脱臭设施对废气进行处理，达到《恶臭污染物排放标准》(CB)后排放。
微波消毒处理过程中的废水主要来自保病废物盛装容器清洗消妻废水、洗车废水以及量微波消毒处理过程排密的覆液。
废水处理技术可采用多种切实可行的处理技术，但废水中污染物排放指标必须达到《污水综合排放标准》(CB)要求。
微波杀毒是微波热效应和生物效应共同作用的结果，在一定强度微波场的作用下，菌体会因含有极化分子吸收微波能升温，从而使蛋白质变形，失去生物活性，快速杀菌。微波消毒技术不产生和恶臭气体，无废水排放。
焚烧工艺较适合规模较大的医疗废物处置，30t/d以上的医疗废物处置往往采用回转窑焚烧等技术。小规模医疗废物焚烧设施（如3t/d、5t/d），虽然其所有工艺环节（如尾气急冷、脱酸、袋滤等）都与大规模焚烧设施类似，但实现达标排放有较大的难度。一是需要配置要求的焚烧尾气在线监测装置等设施，投资大；二是小规模焚烧设施来料不稳定，难以实现稳定连续运行，对尾气处理工艺造成的波动较大，在频繁的起炉和停炉间歇过程中存在污染，维持燃烧需要的辅助燃料成本极高，实现达标排放难。高温蒸汽、微波、化学和高温干热等技术因具有可以间歇运行、运行费用低、适应性强、二次污染少、不产生等污染物、易于操作管理、运行效果稳定等优点，比较适用于小规模的医疗废物处理处置。
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